Die Hugenote Seminarie is mettertyd verdeel in ‘n junior afdeling as die Hugenote Meisieskool en die senior afdeling as die Hugenote Kollege waar grade verwerf kon word. In 1916 word dit ‘n konstitusionele kollege van UNISA. In 1920 is die naam verander na Hugenote Universiteitskollege. Nadat die voortbestaan van die Kollege gedurig bedreig is het die Kaapse Kerk die eiendomme oorgeneem.

Die Hugenote-kollege van die NG Kerk is op 28 Februarie 1951 amptelik geopen in die geboue wat voorheen die Hugenote-universiteitskollege gehuisves het. Teen 1961 was die fokus van die opleiding gerig op die wetenskaplike en geestelike vorming van Christelik-maat­skap­like werkers, sendingwerkers, evangelisasiewerkers en inrigtingspersoneel. Die NG Kerk het die kollege bestuur en was in die 1960’s volledig verantwoordelik vir die finansiering van die werksaamhede. Unisa het in die 1970’s en 1980’s samewerkings­oor­eenkomste met die kollege gesluit. Dit het in 2011-2012 drasties verander. Die Hugenote-kollege het sy verbintenis met Unisa verloor en kon nie met ’n ander universiteit ’n werkbare ooreenkoms sluit nie. Uiteindelik is dit as ’n “private instelling vir voortgesette onderwys en opleiding” geregistreer met as lede die NG Kerk (Algemene Sinode), die Verenigende Geref Kerk in Suider-Afrika (VGKSA: Algemene Sinode), die NG Kerk Wes-en-Suid-Kaap, die NG Kerk Wellington en die VGKSA Wellington. Die “nuwe” Hugenote-kollege is op 23 Oktober 2012 ingewy.